Retire el espacio vacío de las estructuras con los grupos R y S

Recibimos las estructuras de un servidor dentro de nuestra empresa. Estas estructuras se transfieren como archivos Mol. Algunas de estas estructuras contienen grupos R y / o S. Algunos de los creadores de estas estructuras crean un muy gran espacio vacío entre la estructura actual y los grupos. Tenemos actualmente ~ 30.000 estructuras en nuestra base de datos. Alrededor de 2.000 de estas estructuras se han unido flawed.I cómo una estructura de este tipo podría tener en la parte inferior, ya que la imagen es bastante large.What que estoy tratando de hacer ahora es quitar ese proceso space.The vacío está recibiendo actualmente los archivos de MOL envuelto dentro de un archivo XML que tiene información adicional para almacenar junto con la estructura. Ese proceso está escrito en Java. Hasta ahora no tenemos ninguna biblioteca dentro del proyecto para procesar y manipular estructuras, como acabamos de analizada la MOL como secuencia desde el archivo XML y escrito en un campo CLOB en el database.I saber que existen bibliotecas como la CDK , pero en este momento no sé si me puede ayudar con la tarea.